2125年，為了尋找新的能源（人口爆炸到一百來億了），太陽系開發(fā)機(jī)構(gòu)決定推進(jìn)“木星太陽化計(jì)劃”，定于2140年實(shí)現(xiàn)這一計(jì)劃。駐扎在前線基地“米涅瓦”的計(jì)劃主任本田英二（三浦友和）就在這時(shí)候與失去聯(lián)系多年的戀人馬利亞重逢了，但是他不知道的是，瑪麗亞是旨在破壞這一計(jì)劃的極端環(huán)保組織“木星教團(tuán)”的破壞小組組長(zhǎng)！在宇宙語言學(xué)家威廉姆的幫助下，英二乘坐木星探查艇“JADE－III”探訪了數(shù)萬年前來訪的宇宙人的飛船“木星之魂”。另一方面，英二的朋友PILOTKING和天文學(xué)家井上乘坐的宇宙船遇難，調(diào)查的結(jié)果，是遭遇黑洞所致！太陽系面臨被黑洞吞噬的危機(jī)！解決危機(jī)的方法只有一個(gè)，通過引爆木星來改變黑洞的軌道（劇組在這個(gè)問題上花了很大的精力，甚至動(dòng)用了計(jì)算機(jī)做考證和計(jì)算工作）。英二與基地內(nèi)人員一起為挽救太陽系而努力的時(shí)候，瑪利亞帶人殺進(jìn)了基地。。。。。